醫療之目標在於藉外在的物理輔助或生化治療來維持生命現象及改善生活上便利性以提升生命尊嚴，因此、整合「工程」與「醫學」研究領域之相關性乃為首務。基於政府近年極力推展生技及醫療產業政策以及過去兩年來全球疫情使然，醫學工程相關產業無疑是繼半導體產業之另一項明星工業。過去，本校雖有不少專業教授在醫工研究領域表現優異，但由於分散各系所，缺乏整合機制與互動，故實難以彰顯其為本校研發特色之一。本校既以科技人才培育為辦學目標，如何整併校內資源、儘速參與醫療產業市場，實為重要。因此、設立「醫學工程研究所」成為集中研發能量拓展校務重要方向之一。本校因未設有醫學院系，生物分子與醫學相關資源顯為薄弱，本所設立初期之醫學工程相關教學與研究，應以既有工程科技領域資源結合醫療臨床所需為推動方向。不過，即使本校醫工所朝醫療材料、醫療檢測、生醫資訊與輔具設計之方向發展，與鄰近醫療單位或醫學院校進行長期實質合作，實為不可或缺之要素。因此，基於互惠與互補之精神，本所與國防醫學院共同成立「醫學工程研究中心」，該中心之設立可使本所結合國防醫學院醫學教學研究與三軍總醫院臨床醫療資源，進而培育兼具工程技術與醫學知識的醫學工程人才與推動實質研究合作，以促進國內醫療產業技術發展、提昇經濟與照顧國民醫療福祉，也成為本所對外招生的特色之一，可與國內眾多其他傳統醫工所在教研上產生差異化。